Istoricul: Numele de Popăuţi provine din slavonă şi se traduce prin oameni cu popă sau oameni ai bisericii. Aici era loc liber, dar cu poziţie strategică. Biserica a fost zidită în 1496 ca biserică de mir, primul ctitor fiind Ştefan cel Mare şi Sfânt, aşa cum arată pisania în slavonă din exteriorul zidului din nord, în al 40-lea an de domnie, la 30 septembrie. În drumul său spre Hârlău, venind din Suceava, domnul făcea mereu popas în Botoşani. Lângă biserică era palatul domnesc, unde se odihnea Ştefan cel Mare. La 22 iulie 1518 aici a poposit şi Petru Rareş. Biserica s-a numit şi biserica Domnească. Satul s-a format mai târziu, în anul 1626. Dintr-un document al lui Constantin Vodă Mavrocordat aflăm că în 1733 era încă biserică de mir. În 1748, Grigore Ghica întăreşte hrisovul domnitorului Nicolae Voievod Mavrocordat prin care s-a dăruit bisericii jumătate din moşia Tătăraşi. Cealaltă jumătate este dată de Constantin Vodă Racoviţă, o dată cu alte donaţii în 1751, când biserica Sfântul Nicolae devine mănăstire de călugări. În 1753, Constantin Racoviţă o înzestrează cu moşia târgului şi cu izlazul cumpărat de la familia Cantacuzino. Tot acum, el închină mănăstirea, Patriarhiei Antiohiei şi aici se instalează călugări greci. Grigore Ghica la 1776 întăreşte vechile acte pe care, în 1783, le întăreşte şi Alexandru Constantin Mavrocordat. În 1803 Alexandru Constantin Moruzzi voievod, stabileşte din nou hotarul între târg şi mănăstire aşa cum fusese stabilit prima oară în 1780. Egumenul mănăstirii, Arhimandritul Inochentie, arendează pe 6 ani încă două moşii ale Popăuţilor, aflate în ţinutul Vasluiului. La 1825 Mănăstirea stăpânea satele Cişmeaua şi Răchiţi, pe care în 1829, Vlădică Inochentie (fostul egumen devine în 1820 Mitropolit cu titlu Ilicopoleos), i le arendează lui Constantin Caragea, împreună cu moşiile mănăstirii, trei iazuri mari şi viile. În 1830 Mănăstirea arendează lui Constantin Hariton moşiile Văratecului din Basarabia. Mănăstirea era în 1840 în culmea bogăţiei, dar acestea erau jefuite de călugării greci, care erau mereu în conflict cu locuitorii târgului Botoşani. Aceştia, încă din 1805 se plângeau domnitorului de relele ce le făceau călugării greci de la Popăuti. Prin secularizarea averilor mănăstireşti, Mănăstirea devine în 1863 biserică de mir. În 1868, casele vechi egumeneşti sunt date armatei, iar în 1870, Compania Căilor Ferate ia şi livada mănăstirii. Personalul mănăstirii este redus în 1872 la doi preoţi, doi cântăreţi şi un paracliser. Biserica ajunge în ruină şi abia în 1891 superiorul V. Păuna obţine bani şi o acoperă cu tablă. Personalul rămas trece în 1894 în seama comunei. La 15 iulie 1897 protoieria închide biserica, căreia la 12 mai acelaşi an îi cade partea de sus a catapetesmei. Tot în 1897 este declarată monument istoric şi în 1899 statul începe restaurarea ei în exterior. În 1901 parohul Grigore Deliu intervine pentru înapoierea caselor egumeneşti, dar n-are succes. Restaurarea bisericii în exterior este terminată în 1906. În 1908 se împrejmuieşte şi se repară clopotniţa. În 1991 a fost reînfiinţată mănăstirea, dar s-a populat abia în 1996.

            Descriere: Biserica este o construcţie mare, din zid de cărămidă şi piatră, gros de peste un metru, în formă de cruce. Are altar, naos şi pronaos. Micul pridvor, cu intrarea la sud, printr-o uşă masivă din stejar, întărită metalic, a fost improvizat din spaţiul pronaosului. Cei trei pereţi improvizaţi sunt din scândură, doi dintre ei având geamuri (cel din răsărit şi cel din nord). Altarul este luminat de o fereastră aşezată la răsărit. Catapeteasma din lemn are numai partea de sus şi cea de jos din aceeaşi epocă, aparţinând mamei lui Constantin Racoviţă. În 1751 Constantin Racoviţă a schimbat cele patru icoane mari de jos şi a pus în locul lor altele, neîntrecute ca sculptură şi pictură. Naosul este luminat de câte o fereastră pe fiecare absidă. Absidele sunt slab pronunţate. Delimitarea de pronaos se face prin doi stâlpi marginali mari, fixaţi în ziduri, care susţin arcada bolţii. Pronaosul este luminat de o fereastră foarte mare, terminată în arc, cu grilaj metalic în interior, aşezată în partea de vest a zidului. Ferestrele din altar şi naos sunt mici, terminate tot în arc şi aparate de grilaje metalice. Turla pe naos este deschisă, foarte înaltă, circulară în interior şi poligonală în exterior. Are patru ferestre şi faţadele din cărămidă roşie netencuită. Are firide şi ocniţe. Acoperişul turlei din tablă are formă conică. Pardoseala este din dale de piatră iar acoperişul este din tablă. Faţadele exterioare ale bisericii sunt netencuite, cu firide şi ocniţe în partea superioară. În zona altarului sunt stâlpi voluminoşi. Trotuarele de jur-împrejur sunt largi, din dale de piatră.

            Pictura: Inscripţia slavonă de sub scenele religioase, forma literelor asemănătoare caracterelor din pisania marelui Ştefan, pictura în sine cu frumuseţea ei originală, bogăţia ornamentelor, aurul ce sclipeşte în lungul brâielor, totul întăreşte concluzia că pictura este din vremea lui Ştefan cel Mare şi nu aparţine epocii Constantin Racoviţă, familie care a restaurat şi a împodobit biserica. Doar primul rând de sfinţi, reînnoit de o mâna mai târzie, poate fi de la Constantin Racoviţă. Ploaia căzută în pronaos a distrus pictura, aici distingându-se numai bolta cu cei patru evanghelişti. În altar şi naos, pictura s-a păstrat aproape în întregime. Dintre scenele pictate, cea mai impunătoare e Drumul Crucii. Pictura turnului, înnegrită mult de vreme, abia mai distinge pe cei patru evanghelişti, iar pe boltă pe Dumnezeu Tatăl.

            Altele: Clopotniţa este construită la sud-est de biserică, din zid de piatră şi cărămidă şi este formată din trei etaje şi acoperită cu şindrilă. A servit şi ca adăpost când se iveau atacurile duşmanilor.